It was narrated from 'Aishah that:

When it rained the Messenger of Allah would say: "Allahummaj'alhu Sayyiban nafi`a. (O Allah, make it beneficial rain)."

أَخْبَرَنَا مُحَمَّدُ بْنُ مَنْصُورٍ، قَالَ حَدَّثَنَا سُفْيَانُ، عَنْ مِسْعَرٍ، عَنِ الْمِقْدَامِ بْنِ شُرَيْحٍ، عَنْ أَبِيهِ، عَنْ عَائِشَةَ، أَنَّ رَسُولَ اللَّهِ ﷺ كَانَ إِذَا أُمْطِرَ قَالَ " اللَّهُمَّ اجْعَلْهُ صَيِّبًا نَافِعًا " .